В галактике идёт война между Республикой и сепаратистами. Канцлер Палпатин был захвачен во время дерзкого рейда на Корусант заместителя командующего Сепаратистов Генерала Гривуса. Рыцарь-джедай Энакин Скайуокер и магистр-джедай Оби-Ван Кеноби пытаются освободить канцлера. Джедаи находят канцлера, но встречают графа Дуку. Во время битвы Энакин убивает Дуку, но после вместе с Оби-Ваном попадает в плен к Гривусу. Энакин и Оби-Ван освобождаются из плена, но Гривус убегает и оставляет джедаев и канцлера в ловушке на повреждённом терпящем крушение крейсере. Энакин с трудом сажает разломившийся пополам корабль на Корусант.
После возвращения Энакин встречает свою жену, Падме Амидалу, которая сообщает ему, что беременна. Несмотря на беспокойство Падме об их тайном браке, Энакин очень рад этой новости, и пара строит планы о своих детях. Энакина мучают кошмары о смерти Падме во время родов, видения похожи на те, что он видел перед смертью своей матери. Позже Оби-Ван сообщает Энакину, что совет джедаев просит его следить за канцлером, так как они подозревают его в предательстве. Энакин обижен этим предложением, ибо всегда считал Палпатина своим старшим товарищем. Будучи представителем совета джедаев в совете республики, Энакин постепенно развивает с канцлером близкую дружбу. Палпатин сеет в душе Энакина недоверие к джедаям. Также он утверждает, что слышал о возможности побеждать смерть. Эта новость заинтересовывает Энакина, который хочет препятствовать осуществлению своих видений.
Оби-Вана посылают на планету Утапау, где он находит и убивает Генерала Гривуса. В это время на Корусанте Энакин в одночасье понимает, что Палпатин — Владыка Ситхов Дарт Сидиус. Палпатин рассказывает Энакину о могуществе тёмной стороны силы и умоляет использовать его знания, чтобы спасти Падме. Упоминая своего учителя, Сидиус умалчивает, что отцом Энакиана был Дарт Плагеус мудрый, который экспериментировал с рабами на Татуине. Энакин собирается выдать Палпатина совету джедаев. Узнав от Скайуокера страшную правду, магистр-джедай Мэйс Винду с тремя джедаями пытается арестовать верховного канцлера. После короткого боя, в котором погибают его спутники, Винду обезоруживает Палпатина. Когда в офис врывается Энакин, он видит, что Винду хочет убить Владыку Ситхов. Энакин отрубает руку с мечом магистру Винду, веря, что только Палпатин знает путь к спасению его жены. Сидиус обрушивает на Винду энергетический вихрь, выбрасывая его в окно. Энакин присягает на верность Сидиусу, тот даёт ему ситхское имя Дарт Вейдер. Он приказывает Вейдеру уничтожить всех джедаев в храме, включая юнлингов (самых юных учеников), а затем отправиться на Мустафар и убить всех лидеров Сепаратистов. Палпатин, используя запрограммированую в клонах директиву, называемую Приказ 66, отдает им приказ истребить всех джедаев. Многие джедаи в галактике погибают, но по крайней мере Йоде и Оби-Вану удается спастись.
Дарт Вейдер убивает всех молодых джедаев в Храме Джедаев, тем самым пройдя древний ситхский обряд крещения кровью. После этого он приходит к Падме и пытается убедить её, что джедаи пытались предать Республику, устроив переворот. Затем он улетает на Мустафар, где по приказу своего нового учителя убивает лидеров Сепаратистов, исполняя обещание, данное Сидиусом. Сенатор Бэйл Органа встречается с Оби-Ваном и Йодой и доставляет их в храм джедаев. Палпатин сообщает сенату о заговоре джедаев с целью свергнуть Республику и говорит, что Республика будет превращена в галактическую Империю, дабы обезопасить себя как от внешних, так и внутренних врагов. Сенат воодушевленно аплодирует новому императору. В храме джедаев Оби-Ван и Йода посылают сигнал всем джедаям спасаться. Оби-Ван просматривает записи службы безопасности и видит, как Энакин убивал джедаев в храме и докладывал об этом Сидиусу. Йода и Оби-Ван решают вступить в бой с ситхами, но Йода запрещает Оби Вану идти против Сидиуса, отправляя его против Вейдера. Он встречается с Падме, которая не может поверить, что Энакин перешёл на тёмную сторону. Когда она улетает на Мустафар, желая остановить Энакина, Оби-Ван скрытно пробирается на борт её корабля.
Йода отправляется в здание сената, чтобы сразиться с Дартом Сидиусом. В ходе жестокой схватки, в которой во все стороны летят летающие кафедры членов Сената, оба противника оказываются в разных концах сенатского зала. Обезоруженный Йода, понимая, что вот-вот появится охрана Палпатина, уходит с помощью сенатора Органы. Разочарованный поражением, Йода решает отправиться в изгнание. Дарт Сидиус, чувствуя, что владыке Вейдеру угрожает опасность, улетает на Мустафар.
Оби-Ван Кеноби и Дарт Вейдер сражаются на Мустафаре
Амидала прилетает на Мустафар и встречает Вейдера. Падме умоляет Энакина бросить всё и остаться с ней, но он отказывается — веря, что он сможет свергнуть Палпатина, заявляя, что он и Падме вместе будут управлять Галактикой. Вейдер видит, как с корабля Падме спускается Оби-Ван и решает, что Падме предала его. В ярости, используя Силу, он душит её до потери сознания. Оби-Ван и Вейдер вступают в яростную битву. В ходе поединка противники нечаяно отключают систему защиты, лава поднимается всё выше и выше. Река лавы разделяет Вейдера и Оби-Вана. Несмотря на риск, Вейдер прыгает к Оби-Вану, пытаясь атаковать, и Оби-Ван отсекает ему руку и ноги. Вейдер падает на берег лавовой реки, его одежда загорается, он горит заживо. Оби-Ван улетает с Мустафара, захватив раненую Падме и меч Энакина. На планету прибывает Дарт Сидиус, забирая с собой Энакина, находящегося на грани смерти.
Падме оказывают медицинскую помощь, и хотя она физически здорова, но умирает: потеряв все, что ей было дорого, она не хочет жить. Тем не менее, медицинские дроиды спасают её детей — двойняшек, мальчика и девочку. Перед смертью Падме даёт им имена Люк и Лея и говорит Оби-Вану, что в Энакине ещё есть добро. Её похоронят в Тиде на Набу.
На Корусанте в тело Энакина вживляют кибернетические протезы и имплантаты. Дарта Вейдера одевают в чёрную броню и знаменитый шлем, которые позволяют ему выжить. Когда Вейдер спрашивает Императора Палпатина о состоянии Падме, тот отвечает, что Вейдер сам убил её, будучи в гневе. В страшной ярости Вейдер кричит и уничтожает дроидов и оборудование в комнате, пока Сидиус наблюдает за ним со зловещей улыбкой на лице.
На борту Тантива IV Оби-Ван, Йода и Бэйл Органа соглашаются держать детей в секрете. Оби-Ван и Йода будут следить и ждать, когда дети Скайуокера смогут встать на борьбу с Ситхами. Кроме того, Йода говорит Оби-Вану, что Квай-Гон не умер, а растворился в Силе. И знаниями этими будет обучать их обоих, пока те в изгнании будут. В космосе начинается строительство космической станции — Звезды Смерти, работы идут полным ходом, параллельно разрабатывая улучшенную версию.
Лею забирают на Алдераан, чтобы жить с королевой и Бэйлом Органа, а Люка увозят на Татуин к Оуэну и Беру.
Ситхи победили (хотя оба изуродованы), но надежда всё ещё осталась… Хотя все джедаи разбросаны по далёкой галактике и уже не имеют силы сопротивляться.